Yhdysvaltain tautien valvonta- ja ehkäisykeskukset, CDC, käynnistivät konsortion käynnistääkseen kansallisen sekvensointilaboratorioiden verkoston, joka nopeuttaa SARS-CoV-2-sekvenssitietojen julkistamista. Avoimen koronavirussekvenssidatan nopea julkaiseminen auttaa ohjaamaan Covid-19 kansanterveystoimia, edistää innovaatioita ja löytöjä sekä edistää tämän ja tulevien pandemioiden ymmärtämistä.
Tämä SARS-CoV-2-sekvensointi kansanterveyden hätätilanteissa, epidemiologiassa ja valvonnassa (SPHERES) konsortio, joka laajentaa huomattavasti käyttöä koko genomin sekvensointi (WGS) COVID-19 viruksesta. SPHERES toimittaa johdonmukaisia, reaaliaikaisia sekvenssitietoja kansanterveystyöryhmille, jotka tutkivat COVID-19-tapauksia ja -klustereita eri puolilla maata.
Tämä uusi konsortio auttaa heitä ymmärtämään paremmin, miten virus leviää sekä kansallisesti että paikallisissa yhteisöissään. Parempi data puolestaan auttaa kansanterveysviranomaisia katkaisemaan tartuntaketjuja, ehkäisemään uusia sairaustapauksia sekä suojelemaan ja pelastamaan ihmishenkiä.
”Yhdysvallat on maailman johtava edistyneen nopean genomin sekvensoinnin toimittaja. Tällä koordinoidulla työllä julkisissa, yksityisissä, kliinisissä ja akateemisissa kansanterveyslaboratorioissamme on tärkeä rooli SARS-CoV-2:n leviämisen, kehityksen ja hoidon ymmärtämisessä. Olen varma, että parhaat, taitavimmat mielemme työskentelevät yhdessä auttaakseen meitä pelastamaan ihmishenkiä tänään ja huomenna", sanoi CDC:n johtaja Robert Redfield, MD.
COVID-19-viruksen seuranta sen kehittyessä
Genominen sekvenssitiedot voivat antaa ennennäkemättömän käsityksen COVID-2:ää aiheuttavan viruksen SARS-CoV-19 biologiaan ja auttaa määrittelemään pandemian muuttuvan maiseman. Sekvensoimalla viruksia kaikkialta Yhdysvalloista CDC ja muut kansanterveysviranomaiset voivat seurata viruksen tärkeitä muutoksia ja käyttää näitä tietoja kontaktien jäljittämiseen, kansanterveyden lieventämistoimiin ja infektioiden hallintastrategioihin.
SPHERES-konsortio on kunnianhimoinen yritys koordinoida SARS-CoV-2-genomin sekvensointia kansallisesti ja järjestää kymmeniä pienempiä yksittäisiä hankkeita yhdeksi hajautetuksi laboratorioiden, laitosten ja yritysten verkostoksi. Konsortio yhdistää 40 osavaltion ja paikallisen kansanterveysosaston, useiden suurten kliinisten laboratorioiden ja yli kahden tusinan yhteistyölaitoksen asiantuntemuksen, teknologian ja resurssit liittovaltion hallituksessa, korkeakouluissa ja yksityisellä sektorilla.
SPHERES luo parhaita käytäntöjä ja konsensustietostandardeja, nopeuttaa avointa tiedon jakamista ja perustaa resurssien ja asiantuntemuksen joukon, joka auttaa tuomaan huipputeknologiaa kansalliseen COVID-19-vastaukseen.
SPHERES tiedot auki, jaettu
Konsortion jäsenet ovat sitoutuneet nopeaan avoimeen sekvenssien jakamiseen. He aikovat toimittaa kaikki hyödylliset sekvenssitiedot National Library of Medicine -laitoksen National Center for Biotechnology Information (NLM/NCBI), Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) ja muihin julkisiin sekvenssitietovarastoihin. Tämä auttaa varmistamaan, että virussekvenssitiedot kaikkialta Yhdysvalloista ovat nopeasti saatavilla kansanterveyspäätösten tekemistä varten ja vapaasti tutkijoiden saatavilla kaikkialla.
Konsortion jäseniä ovat:
Liittovaltion virastot ja laboratoriot
Centers for Disease Control and Prevention, Office of Advanced Molecular Detections
Argonnen kansallinen laboratorio
Puolustusterveysvirasto, Globaali tarttuva Sairaus valvonta
Food and Drug Administration
Lawrence Berkeleyn kansallinen laboratorio
Los Alamos National Laboratory
National Institute of Allergy and Infectious Diseases, Office of Genomics and Advanced Technology
Kansallinen standardointi- ja teknologiainstituutti
National Library of Medicine:n kansallinen bioteknologian tietokeskus
Walter Reedin armeijan tutkimuslaitos
Valtion/paikalliset kansanterveyslaboratoriot
Arizona
Kalifornia
Delaware
District of Columbia
Florida
Havaiji
Maine
Maryland
Massachusetts
Michigan
Minnesota
North Carolina
North Dakota
Nevada
New Mexico
New York
Utah
Virginia
Washington
Wisconsin
Wyoming
Akateemiset laitokset
Baylor University
Cornell University
Fred Hutchinsonin syöpätutkimuskeskus
Mount Siinain lääketieteellinen korkeakoulu
New York University
Pohjois-Arizonan yliopisto
Buffalon yliopisto
University of California, Berkeley
University of California, Davis
University of California, Irvine
Kalifornian yliopisto, Los Angeles
Kalifornian yliopisto, San Francisco
Kalifornian yliopisto, Santa Cruz
University of Chicago
Marylandin yliopisto
University of Minnesota
Nebraskan yliopisto
University of New Mexico
Washingtonin yliopisto
Yale University
yritykset
Abbott-diagnostiikka
bioMerieux
Värigenomiikka
Gingko Bioworks
IDbyDNA
Q-Tel
LabCorp
Yksi Codex
Oxford Nanopore Technologies
Tyynenmeren biotieteet
Qiagen
Quest-diagnostiikka
Todellakin biotieteet
Yritysten nimet on annettu vain tiedoksi, eikä niiden sisällyttäminen tähän tarkoita sitä, että Yhdysvaltain tautien valvonta- ja ehkäisykeskukset olisivat hyväksyneet yritykset tai niiden kaupalliset tuotteet tai palvelut.
Voittoa tavoittelemattomat kansanterveys- tai tutkimuslaitokset
Kansanterveyslaboratorioiden yhdistys
Bill ja Melinda Gatesin säätiö
Laaja instituutti
Chan Zuckerberg BioHub
Craig Venter -instituutti
Genomisen epidemiologian kansanterveysliitto
Scripps-tutkimus
Jacksonin laboratorio
Translational Genomics Research Institute – North
Walder-säätiö
Viimeisten kuuden vuoden ajan CDC:n Office of Advanced Molecular Detection -ohjelma on investoinut liittovaltion ja osavaltioiden kansanterveyslaboratorioihin laajentaakseen patogeenien genomiikan ja muiden kehittyneiden laboratoriotekniikoiden käyttöä tartuntatautien seurannassa ja taudinpurkausten torjunnassa. Nykyisen konsortiosijoituksen tavoitteena on pelastaa ihmishenkiä SARS-CoV-2-pandemiassa ja valmistaa Yhdysvaltoja ja maailmaa tulevaan pandemiaan.
Lisätietoja genomisesta sekvensoinnista tai CDC:n työstä edistyneessä molekyylien havaitsemisessa on osoitteessa https://www.cdc.gov/amd/
